有一位農婦，在她種植的大麥田裡，長出了一朵華麗的大麥花。農婦對這朵花讚嘆不已，便親吻了花朵一下，許下了一個心願:「我希望能有一個小女兒，身子嬌小如我的拇指。」當大麥花綻放開來，一位身軀迷你、美麗動人的小女孩從花瓣中冒了出來。農婦驚喜萬分，將她取名為「拇指姑娘」。
拇指姑娘的美貌，很快就吸引了一隻母蟾蜍的注意。母蟾蜍認為，拇指姑娘會是她兒子理想的新娘。於是，在一個夜晚，母蟾蜍把拇指姑娘綁架到自己的家中。蟾蜍兒子一見到拇指姑娘，馬上為她的美貌傾倒，將她放在荷葉上欣賞。拇指姑娘趁機向池塘中的魚兒求救，魚兒幫她咬斷了荷葉的莖。就在拇指姑娘要成功逃脫時，一隻甲蟲出現，把她從荷葉上擄走了。
甲蟲深深迷戀拇指姑娘的美貌，把她帶回家中。但其他母甲蟲認為拇指姑娘只有兩條腿，醜陋不已，於是把她遺棄在森林裡。饑寒交迫的拇指姑娘，被一位母鼠收留了。不過，母鼠要拇指姑娘嫁給她兒子報答庇佑之恩。拇指姑娘非常不願意，因為鼠兒住在地底下，她將被迫永遠離開陽光和花草。
在與鼠兒成親的前一天，拇指姑娘悲傷地來到地面，想看最後一眼大好河山。一隻麻雀從天而降，問她是否願意隨自己離開。拇指姑娘欣然接受。麻雀要她從花叢中揀選一朵屬於自己的花朵。就在拇指姑娘選定花朵的那刻，一位英俊的精靈王子出現了。他深深為拇指姑娘的容顏傾倒，向她求婚。拇指姑娘欣喜地接受了。最後，精靈王子送給拇指姑娘一對翅膀，兩人手牽手，飛向精靈王國，從此過著幸福快樂的生活。
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